El Consejo de Administración aprueba el presupuesto y verifica su ejecución, nombra al Director Ejecutivo y al Director Ejecutivo Adjunto, y vela por la transparencia de los procedimientos de toma de decisiones de la Agencia. Como representante legal de la Agencia, el Director Ejecutivo tiene que rendir cuentas directamente a este órgano de gobierno en relación con sus actividades.
El Consejo de Administración, que se reúne cinco veces al año, está compuesto por representantes de las direcciones de las autoridades fronterizas de los 26 Estados miembros de la UE sujetos a las disposiciones que rigen el espacio Schengen, más dos miembros de la Comisión Europea. Islandia, Liechstenstein, Noruega y Suiza, que no son Estados miembros de la UE pero son países asociados al espacio Schengen, también envían a un representante al Consejo de Administración, si bien con derechos de voto limitados.
Se invita también a representantes de Reino Unido y de la República de Irlanda a participar en las reuniones del Consejo de Administración, pero no tienen derecho de voto debido a su decisión (tomada antes de la creación de Frontex en 2004) de participar solo parcialmente en la cooperación Schengen.